周永锋课题组

题目	The haplotype-resolved T2T genome of teinturier cultivar Yan73 reveals the genetic basis of anthocyanin biosynthesis in grapes
中文	Yan73的单倍型解析T2T基因组揭示了葡萄花青素生物合成的遗传基础
参考	Kekun Zhang, Mengrui Du, Hongyan Zhang, Xiaoqian Zhang, Shuo Cao, Xu Wang, Wenrui Wang, Xueqiang Guan, Penghui Zhou, Jin Li, Wenguang Jiang, Meiling Tang, Qiuling Zheng, Muming Cao, Yongfeng Zhou, Keqin Chen, Zhongjie Liu, Yulin Fang, The haplotype-resolved T2T genome of teinturier cultivar Yan73 reveals the genetic basis of anthocyanin biosynthesis in grapes, Horticulture Research, Volume 10, Issue 11, November 2023, uhad205, https://doi.org/10.1093/hr/uhad205
作者	张克坤, 独梦蕊
通讯	房玉林, 刘众杰, 陈可钦
期刊	Horticulture Research [2023-10-13 ] 原文链接文档查看文章下载
简介	Teinturier葡萄以其在葡萄皮、果肉和植物组织中典型的花青素积累而特征明显，赋予其在红葡萄酒混酿和富营养食品开发中的高实用价值。然而，由于缺乏基因组信息，尚未阐明调控Teinturier葡萄着色的机制，其遗传利用研究仍然不足。在这项研究中，使用‘Yan73’品种通过结合High Fidelity（HiFi）、Hi-C和超长Oxford Nanopore Technologies（ONT）读取，对Teinturier葡萄进行了端到端（T2T）基因组组装。两个单倍型基因组分别组装为501.68 Mb和493.38 Mb的大小。在单倍型1基因组中，转座元件（TEs）包含32.77%的长末端重复（LTRs），而在单倍型2基因组中，在TEs中检测到31.53%的LTRs。此外，在两个单倍型之间的染色体18上识别到明显的倒置。转录组分析表明，‘Cabernet Sauvignon’和‘Yan73’中基因的表达模式因组织、发育阶段和品种而异。在两个品种之间，花青素生物合成途径基因的转录程序在不同组织和发育阶段表现出高相似性，而许多基因的表达水平显示出显著差异。与其他基因相比，在所有样本中，VvMYBA1和VvUFGT4的表达水平，除了‘Yan73’的幼苗中的VvCHS2和E-L23阶段的VvPAL9之外，均高于‘Cabernet Sauvignon’。进一步的序列比对揭示了与花青素生物合成相关基因的潜在变异基因位点和结构变异，发现了在‘Yan73’单倍型2基因组的VvMYBA1启动子中的816 bp序列插入。‘Yan73’ T2T基因组组装和比较分析为进一步揭示Teinturier葡萄着色机制和葡萄着色性状的遗传改良提供了宝贵的基础。
备注	合作发表文章
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