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周永锋课题组
Yong-feng Zhou lab
Yong-feng Zhou lab
| 题目 | Phased gap-free genome assembly of octoploid cultivated strawberry illustrates the genetic and epigenetic divergence among subgenomes |
| 中文 | 八倍体栽培草莓的分阶段无间隙基因组组装说明了亚基因组之间的遗传和表观遗传差异 |
| 参考 | Yanhong Song, Yanling Peng, Lifeng Liu, Gang Li, Xia Zhao, Xu Wang, Shuo Cao, Aline Muyle, Yongfeng Zhou*, Houcheng Zhou*. Phased gap-free genome assembly of octoploid cultivated strawberry illustrates the genetic and epigenetic divergence among subgenomes[J]. Horticulture Research, 2023: uhad203. |
| 作者 | 宋艳红 |
| 通讯 | 周厚成, 周永峰 |
| 期刊 | Horticulture Research [2023-11-27 ] 原文链接 文档查看 文章下载 |
| 简介 | 八倍体草莓（Fragaria╳ ananassa）四个不同亚基因组（ABCD）之间共存和协调的遗传和表观遗传机制了解甚少。我们组装了一个具有单体型相位、无缺陷的八倍体草莓基因组，这使我们能够揭示亚基因组之间的序列、结构和表观遗传差异。八倍体草莓的二倍体祖先，除了A亚基因组（Fragaria vesca）之外，一直以来一直是公众争议的话题。系统发育基因组学分析揭示了二倍体物种Fragaria iinumae与B、C和D亚基因组之间的密切关系。A亚基因组与F. vesca密切相关，保留了最多的基因数量，显示最低数量的转座元件（TEs），经历了最强烈的纯化选择，表现出最低的DNA甲基化水平，并相对于其他三个亚基因组显示出最高的表达水平。转录组和DNA甲基组分析显示，A亚基因组偏向的基因在果实发育的生物过程中富集。相反，虽然B、C和D亚基因组包含相等数量的重复序列，但它们在甲基化水平上有差异，特别是在靠近基因的TEs的位置。综合而言，我们的发现为了解八倍体草莓亚基因组结构、差异和表观遗传动态的演变模式提供了宝贵的见解，这可用于草莓遗传学和育种研究。 |
| 封面 |
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近日，记者从中国农业科学院获悉，该院郑州果树研究所草莓种质改良团队联合深圳农业基因组研究所共同发布八倍体草莓端粒到端粒基因组，系统解析了八倍体草莓亚基因组结构和遗传分化，并解析了亚基因组的表观遗传进化机制。相关成果日前发表于国际期刊《园艺研究》。
红颜草莓是我国主栽品种之一，其品质优良、丰产性强、商品性好，但对炭疽病、白粉病等抗性差，严重制约草莓产业的健康发展。
论文通讯作者、中国农业科学院郑州果树研究所研究员周厚成介绍，栽培草莓是复杂的八倍体植物。该研究以红颜草莓为材料，从头组装八倍体草莓端粒到端粒基因组，鉴定出包含ABCD四个亚基因组共109320个基因。通过构建系统进化树，发现B、C和D亚基因组来源于同一祖先或祖先近缘种，C和D亚基因组最先被引入到八倍体基因组中，A亚基因组是最后的直接祖先供体。分析表明，A亚基因组CG、CHG和CHH甲基化水平最低。亚基因组A偏向表达基因高于其他亚基因组，且A偏向表达同源基因多为基因体甲基化。该研究为后续开展草莓基因功能挖掘、抗性分子育种和品质改良提供了理论和数据支撑。
红颜草莓T2T基因组和表观遗传。
中国农业科学院郑州果树研究所助理研究员宋艳红和深圳农业基因组所博士后彭艳玲为论文共同第一作者，周厚成和中国农业科学院深圳农业基因组所研究员周永锋为共同通讯作者。