周永锋课题组

题目	Population genomics of Vitis pseudoreticulata reveals the genetic basis of fungal resistance in grapevine
中文	华东葡萄的群体基因组学揭示了葡萄抗真菌的遗传基础
参考	Zhang Z, Liu W, Zhang T, et al. Population genomics of Vitis pseudoreticulata reveals the genetic basis of fungal resistance in grapevine[J]. Horticultural Plant Journal, 2025.
作者	张珍, 刘文文
通讯	徐晓东
期刊	Horticultural Plant Journal [2025-1-23 ] 文档查看文章下载
简介	葡萄栽培正面临着来自真菌病害的重大挑战。野生葡萄品种展现出了非凡的真菌抗性，为葡萄品种的改良提供了宝贵的遗传资源，然而其真菌抗性的遗传基础在很大程度上尚未被探索。在本研究中，我们组装了东亚野生葡萄品种——华东葡萄（Vitis pseudoreticulata）的单倍型解析、染色体级别的基因组，该品种以其卓越的真菌抗性而闻名。假显齿葡萄单倍型1和2的基因组大小分别为520.32兆碱基（Mb）和511.58 Mb，相应的连续序列N50值分别为27.31 Mb和21.33 Mb。在该基因组中，真菌响应基因显著扩增，约占扩增基因家族的10%，并在这些家族中表现出功能富集，为其真菌抗性提供了遗传基础。群体基因组学分析发现，假显齿葡萄中受到选择的基因在功能上与真菌响应、生长素、热和盐胁迫反应相关，这可能有助于其强大的真菌抗性、快速生长以及对炎热潮湿的亚热带环境的适应。关键候选基因，如FER、TDX和PAT10，在种内表现出低遗传多样性，而在种间表现出高遗传分化，很可能在这些过程中发挥着重要作用。受到选择的基因中有54.37%是假显齿葡萄特有的，突出了其抗性和适应性的独特性。值得注意的是，一个仅在假显齿葡萄中鉴定出的3.7 Mb纯合倒位区域包含了与花药开裂和花粉接受相关的基因，这可能有助于其繁殖成功。本研究提供的参考基因组、变异图谱和候选基因为培育具有增强真菌抗性的葡萄品种和砧木提供了宝贵的遗传资源。
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