周永锋课题组

题目	The pan-tandem repeat map highlights multiallelic variants underlying gene expression and agronomic traits in rice
中文	泛串联重复序列图谱揭示了水稻基因表达和农艺性状背后的多等位变异
参考	He H, Leng Y, Cao X, et al. The pan-tandem repeat map highlights multiallelic variants underlying gene expression and agronomic traits in rice[J]. Nature Communications, 2024, 15(1): 7291.
作者	Huiying He, Yue Leng, Xinglan Cao, Yiwang Zhu
通讯	商连光, 钱前
期刊	Nature Communications [2024-8-24 ] 原文链接文档查看文章下载
简介	串联重复序列(TRs)是基因组中重复序列数量串联变化的区域，通常是多等位基因。它们的特性及其对水稻基因表达和数量性状的贡献在很大程度上是未知的。在此，我们基于231个基因组组合和水稻基因组图谱调查了水稻TR变异。我们确定了227,391个多等位基因的TR位点，其中包括54,416个在Nipponbare参考基因组中缺失的TR变异。只有1/3的TR变异与附近的双等位基因变异(snp、Indels和pav)有很强的联系。利用193个穗和202个叶片的转录组学数据，我们发现485个和511个TRs分别作为独立于其他双等位基因变异的qtl作用于附近的基因表达。以株高和粒宽为例，验证了TRs对水稻农艺性状变异的影响。这些发现将进一步加深我们对多等位变异功能的认识，为水稻分子育种提供依据
备注	合作发表文章
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