周永锋课题组

题目	Phased T2T genome of a tetraploid grapevine reveals segmental allopolyploid origin and allele-specific alternative splicing during fruit development
中文	四倍体葡萄藤的分段T2T基因组揭示了片段性异源多倍体起源以及果实发育过程中的等位基因特异性替代剪接
参考	Yingchun Zhang, Xu Wang, Yanshuai Xu, Cheng Chen, Jin Yao, Qimin Long, Tianhao Zhang, Ying Su, Sifan Yang, Zain Ali, Ruo Yang, Sheng Yan, Yang Dong, Lianzhu Zhou, Zhongxing Jin, Xiucai Fan, Qingqing Fu, Ling Tian, Chonghuai Liu, Yongfeng Zhou, Wei Li, Yanling Peng, Lei Sun, Phased T2T genome of a tetraploid grapevine reveals segmental allopolyploid origin and allele-specific alternative splicing during fruit development, Plant Physiology, 2026;, kiag330, https://doi.org/10.1093/plphys/kiag330
作者	张迎春
通讯	孙磊, 彭艳玲, Wei Li, 周永锋
期刊	Plant Physiology [2026-6-10 ] 原文链接文档查看文章下载
简介	四倍体鲜食葡萄巨峰（Kyoho）是一个具有重大全球经济价值的品种，长期以来，解析其遗传结构以及不同祖先基因组之间的调控景观一直是一项挑战。在此，我们组装了一个单倍型解析、近乎完整的参考基因组（大小480.32–489.47 Mb，contig N50为17.5–23.3 Mb，总共仅有11个缺口），并通过果实发育过程中的整合多组学分析来研究调控动态。比较进化基因组学将巨峰归类为节段异源四倍体，其基因组为复杂的镶嵌结构，约71%的祖先来自欧洲葡萄（V. vinifera, Vv），约29%来自美洲葡萄（V. labrusca, Vl）。在四个单倍型基因组中，共有67.3%的基因是共享的，而9.8%的基因为单倍型特有基因。转录组分析显示，在17,750对表现出方向偏倚的祖先等位基因中，仅有4,086对（23.4%）在所有组织中维持一致的祖先显性方向。同样地，DNA甲基化谱的比较显示，Vl（0.009~0.676）与Vv（0.010~0.670）两种祖先基因组之间没有显著差异。然而，可变剪接（AS）分析表明，等位基因特异性剪接变化与组织间的祖先来源相关（Vl: 1,529 vs. Vv: 2,052）。整合多组学分析鉴定出2,307个差异表达的祖先等位基因，这些基因没有显著的基因组变异或甲基化偏倚，但表现出AS偏倚。这些基因包括果实成熟的关键调控因子，如ZEP、PIN、DOG1和MYB。总体而言，这项工作提供了一个里程碑式的基因组资源，并刻画了其调控结构，为葡萄的功能基因组学研究和精准多倍体育种提供了指导。
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