周永锋课题组

题目	Pangenome of water caltrop reveals structural variations and asymmetric subgenome divergence after allopolyploidization
中文	菱角异源多倍体后的泛基因组结构变异和亚基因组不对称分化
参考	Zhang X, Chen Y, Wang L, et al. Pangenome of water caltrop reveals structural variations and asymmetric subgenome divergence after allopolyploidization[J]. Horticulture Research, 2023: uhad203.
作者	张心怡, Yang Chen
通讯	邱英雄, Zhaisheng Zheng
期刊	Horticulture Research [2023-10-13 ] 原文链接文档查看文章下载
简介	菱角（Trapaspp.,Lythraceae）是一种传统但目前被低估的非谷物作物。在这里，我们为二倍四倍体菱属植物Trapa.natans的两个二倍体亲本（4x，AABB）即二倍体T.natans（2x，AA）和Trapaincisa（2x，BB）生成了染色体水平的基因组组装。结合已发表的Trapa的四个（亚）基因组，我们使用基于基因和基于图的泛基因组方法以及泛基因组转座元件（TE）库开发了菱属植物的基因组资源。泛基因组显示出丰富的基因内容变异，其中不必要和私有基因簇占总簇集的大部分（51.95%）。存在-缺失变异（PAVs）的基因分型确定了与A或B谱系特有的2570个基因相关的40453个PAV，其中1428个差异表达，并在器官发育过程、有机物代谢过程和对刺激的响应中富集。比较基因组分析显示，四倍体T.natans经历了不对称的亚基因组分化，其中B亚基因组比A亚基因组更为显著。多种因素，包括PAVs、TE的不对称扩增、同源交换（HEs）和同源表达差异，共同影响了多倍化后的基因组演化。总体而言，这项研究揭示了菱属植物的基因组结构和演化，有助于其功能基因组研究和育种计划。
备注	合作发表文章
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