周永锋课题组

题目	A pan-TE map highlights transposable elements underlying domestication and agronomic traits in Asian rice
中文	泛TE图谱突出了亚洲水稻驯化和农艺性状背后的转座因子
参考	Xiaoxia Li, Xiaofan Dai, Huiying He, Yang Lv, Longbo Yang, Wenchuang He, Congcong Liu, Hua Wei, Xiangpei Liu, Qiaoling Yuan, Xianmeng Wang, Tianyi Wang, Bintao Zhang, Hong Zhang, Wu Chen, Yue Leng, Xiaoman Yu, Hongge Qian, Bin Zhang, Mingliang Guo, Zhipeng Zhang, Chuanlin Shi, Qianqian Zhang, Yan Cui, Qiang Xu, Xinglan Cao, Dandan Chen, Yongfeng Zhou, Qian Qian, Lianguang Shang*, A pan-TE map highlights transposable elements underlying domestication and agronomic traits in Asian rice, National Science Review, 2024;, nwae188, https://doi.org/10.1093/nsr/nwae188
作者	Xiaoxia Li, Xiaofan Dai, Huiying He
通讯	商连光, 钱前, 周永锋
期刊	National Science Review [2024-6-4 ] 原文链接文档查看文章下载
简介	转座子（TEs）是普遍存在的基因组成分，由于其高度重复性，很难进行研究。在此基础上，我们基于长读长测序数据组装了232个染色体水平的基因组。结合现有的15个组装，我们开发了一个包含栽培和野生亚洲水稻的泛转座子图谱。我们检测到177,084个高质量的转座子变异，并利用外群推断了其衍生状态。研究发现，转座子是水稻驯化和分化过程中表型变异的一个来源。我们鉴定了1,246个基因，其表达变异与转座子相关而非SNPs，例如OsRbohB，并使用双荧光素酶报告系统验证了OsRbohB的相对表达活性。我们的泛转座子图谱使我们能够检测到多个与农艺性状相关的新位点。总体而言，我们的研究结果突显了转座子对水稻驯化、分化和农艺性状的贡献，并且我们生成的高质量亚洲泛转座子图谱为基因克隆和分子育种提供了巨大的潜力。
封面