周永锋课题组

题目	Phased genomics reveals hidden somatic mutations and provides insight into fruit development in sweet orange
中文	分阶段基因组学揭示了隐藏的体细胞突变，并提供了甜橙果实发育的见解
参考	Wang N, Chen P, Xu Y, et al. Phased genomics reveals hidden somatic mutations and provides insight into fruit development in sweet orange[J]. Horticulture Research, 2024, 11(2): uhad268.
作者	王楠, Chen P, Xu Y
通讯	徐强
期刊	Horticulture Research [2023-12-28 ] 原文链接文档查看文章下载
简介	虽然使用分阶段基因组学重新审视遗传变异的发现和影响是至关重要的，但这种努力仍然缺乏。体细胞突变是遗传多样性的重要来源，在多年生杂合和无性作物中尤为显著。本研究以甜橙(Citrus sinensis)为研究对象，利用高保真度(high fidelity, HiFi)技术构建了一个单倍型解析基因组，发现10.6%的新序列。基于阶段基因组，我们阐明了显著的遗传混杂和单倍型差异。我们开发了一种体细胞检测策略，揭示了单个参考基因组中被忽视的隐藏体细胞突变。本文结合87个甜橙体细胞品种的高深度全基因组测序(WGS)数据，构建了分阶段体细胞变异图谱。值得注意的是，相对于单个参考基因组，我们发现了两倍的体细胞突变。利用这些隐藏的体细胞突变，我们将甜橙分为七个主要分支，并提供了前所未有的遗传嵌合和强正选择的见解。此外，这些阶段基因组学数据表明，基因组杂合变异有助于果实发育过程中等位基因的特异性表达。通过整合等位基因表达差异和体细胞突变，我们确定了一个诱导果实大小增加的体细胞突变。分阶段基因组学的应用将为发现遗传变异及其在高杂合植物中的作用提供强有力的方法。我们的数据为甜橙基因组中隐藏的体细胞突变景观提供了见解，这将有助于柑橘育种。
备注	合作发表文章
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