周永锋课题组

题目	Comparative population genomics reveals convergent and divergent selection in the Apricot-Peach-Plum-Mei Complex
中文	比较群体基因组学揭示了杏-桃-李-梅复合体的趋同选择和发散选择
参考	Xuanwen Yang, Ying Su, Siyang Huang, Qiandong Hou, Pengcheng Wei, Yani Hao, Jiaqi Huang, Hua Xiao, Zhiyao Ma, Xiaodong Xu, Xu Wang, Shuo Cao, Xuejing Cao, Mengyan Zhang, Xiaopeng Wen, Yuhua Ma, Yanling Peng, Yongfeng Zhou, Ke Cao, Guang Qiao*, Comparative population genomics reveals convergent and divergent selection in the Apricot-Peach-Plum-Mei Complex, Horticulture Research, 2024;, uhae109, https://doi.org/10.1093/hr/uhae109
作者	杨选文, 苏颖, 黄思洋
通讯	Guang Qiao, Ke Cao, 周永锋
期刊	Horticulture Research [2024-4-16 ] 原文链接文档查看文章下载
简介	具有重要经济意义的李树属包括水果和坚果作物，这些作物已被驯化为具有共同和特定的农艺性状，然而，趋同选择和发散选择的基因组信号尚未阐明。在这项研究中，我们旨在利用单倍型端粒到端粒(T2T)基因组组装和群体重测序数据，通过对杏-桃-梅梅(APPM)复合体进行比较群体基因组分析，检测趋同选择和分歧选择的基因组特征。通过HiFi读取和Hi-C读取，对该李子品种的T2T参考基因组进行了组装，得到了两个大小分别为251.25 Mb和251.29 Mb的单倍型。比较基因组学显示，与桃、李和梅相比，杏基因组的染色体易位约为1.17 Mb。值得注意的是，易位涉及到D位点，显著影响酸度(TA)、pH和糖含量。群体遗传分析发现，李和杏之间存在大量的基因流动，在胚胎后发育和花粉萌发过程中富集了渗入区。群体遗传比较分析揭示了胁迫、花朵发育和果实成熟的趋同选择，以及形成特定作物基因的发散选择，如李的体细胞胚胎发生、梅的花粉萌发和桃的激素调节。值得注意的是，7号染色体上的选择性扫描与比较基因组学的染色体共线性一致，影响了关键的果实软化基因，如PG，由ERF和RMA1H1调节。本研究对李树APPM复合体的遗传多样性、进化历史和驯化有深入的了解，为李树作物的遗传研究和育种规划提供了有价值的启示。
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