周永锋课题组

题目	Insights into chloroplast genome evolution in Rutaceae through population genomics
中文	芜科植物叶绿体基因组进化的群体基因组学研究
参考	Chao-Chao Li, Yi Bao, Ting Hou, Jia-Cui Li, Zhi-Yao Ma, Nan Wang, Xiao-Meng Wu, Kai-Dong Xie, Yong-Feng Zhou & Wen-Wu Guo. Insights into chloroplast genome evolution in Rutaceae through population genomics[J]. Horticulture Advances, 2024, 2(1): 1-14.
作者	李超超
通讯	郭文武
期刊	Horticulture Advances [2024-4-30 ] 原文链接文档查看文章下载
简介	叶绿体基因组对于理解植物进化至关重要，在柑橘等关键多年生作物中尚未得到研究。利用来自15个物种的509个芸香科（Rutaceae）取样的下一代测序数据，我们进行了343个叶绿体基因组的 de novo 组装，揭示了一个叶绿体变异图谱，突出显示了基因组区域之间的异质性进化速率。值得注意的是，叶绿体基因组大小的差异主要源自大单拷贝和小单拷贝区域。结构变异主要发生在单拷贝区域，其中两个插入位于单拷贝和倒置重复区域边界处。系统发育分析、主成分分析和种群遗传统计结果证实了不同柑橘属植物的集群聚类，反映了柑橘属植物多样化的进化动态。此外，Atalantia（以前被认为是原始柑橘）、Clausena 和 Murraya 之间显示出密切的叶绿体遗传亲缘关系。花椒则形成了一个具有增强遗传多样性的独特群体。通过将我们的分析扩展到包括34个已发表的叶绿体基因组，我们探讨了叶绿体基因选择，揭示了光合作用途径中不同的进化趋势。虽然光系统I和光系统II表现出强烈的负选择，表明其稳定性，但烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）脱氢酶途径显示出快速进化，这表明了其对环境的适应性。最后，我们讨论了基因长度和GC含量对叶绿体基因演变的影响。总之，我们的研究揭示了芸香科植物多样化过程中叶绿体基因组的遗传特征，为揭示该科植物的进化历史提供了见解。
备注	合作发表文章
封面