在2005年，由国际水稻基因组测序项目（International Rice Genome Sequencing Project, 2005）首次发布了目前常用的水稻参考基因组（Oryza sativa ssp. japonica cv. Nipponbare）。随后，在2013年，该参考基因组经过改进的基因组组装（IRGSP-1.0）和基因注释（MSU7、RAP-DB）的更新（Kawahara等，2013；Sakai等，2013）。

在过去的10年中，该参考基因组一直作为后续水稻功能基因组学研究的最重要的遗传资源之一。由于一些水稻基因组已经组装成了无间隙的染色体，只有2-5个端粒缺失（Li等，2021；Song等，2021；Zhang等，2022），IRGSP-1.0及其注释仍然被用作最广泛使用的参考基因组。然而，测序技术的局限性和复杂的基因组组织导致了在该参考基因组中对复杂区域的欠表示，留下了总共72个主要间隙（包括19个端粒）、167个次要间隙和779个未知碱基（Kawahara等，2013），其估计长度为基因组的3%未解决。

Figure 1. T2T-NIP大米参考基因组在组装统计和潜在应用方面的改进。（A） T2T-NIP组装特征的图解。对于每个染色体（Chr），从底部到顶部提供以下信息：T2T-NIP修复的IRGSP-1.0中的间隙和问题与T2T-NIP独有基因的密度重叠显示为红色；rRNA基因；可移动元素；着丝点和端粒的标记。底部的刻度以Mbp为单位。CoER，CentO富集区域，（B） T2T-NIP的测序覆盖和组装验证。显示了映射的HiFi、ONT、Hi-C和Illumina读数的整个基因组均匀覆盖率，以及主要的对齐。由于该区域来自大着丝点，映射的Hi-C读数的覆盖率较低，因为来自该区域的配对读数不足，但可以通过其他类型的测序数据集进行恢复。（C-E） T2T-NIP组装相对于IRGSP-1.0每个染色体的附加碱基，通过总长度差异（C）、校正的间隙外侧区域（D）和序列类型（E）进行评估。条形上方的数字表示四个间隙的间隙外侧区域，这些区域被校正为两个连续区域。（F） 对于四个水稻材料的参考（灰色）和变异（有颜色）等位基因覆盖，这些材料的Illumina读数映射到等位基因LOC_Os11g12240。当映射到T2T-NIP时，读数显示预期的覆盖和在小区域的典型杂合变异模式。当映射到IRGSP-1.0时，该区域显示过多的覆盖和变异，表明来自缺失等位基因的读数与目标基因映射不匹配。（G-K） 短读数（G-I）和长读数（J和K）映射和变异调用的改进。将与不同人群中每个材料的基因内不同接入点的无效对数、错配错误率和覆盖率标准误差的摘要，以箱形图的形式呈现，这些材料映射到T2T-NIP而不是IRGSP-1.0。Or，野生水稻；XI，咸/印度；GJ，耕/日本；cA，Aus。（L-O） 基于T2T-NIP作为参考的产量每株的GWAS分析。曼哈顿图显示基于T2T-NIP（M）与基于IRGSP-1.0（L）相比与候选基因AGIS_Os01g037910（OsAGPL2）相关的显著信号。在具有OsAGPL2的野生型（MH-86）和功能缺失突变体（osapl2-1和osapl2-2）的不同个体之间（N）以及在具有该基因不同等位基因的不同材料之间（O）观察到显著差异。箱形图中的盒子表示中位数和第一四分位数，须延伸到最小和最大值。在（N）中的数据以三个生物学重复的平均值±SD的形式呈现。在（N）和（O）中的星号表示根据Student's t检验存在统计学差异（，p < 0.05；，p < 0.01；，p < 0.001）。